Colecția muzeului este formată din 2366 piese, majoritatea etnografice, care redau îndeletnicirile țăranilor și meșteșugurile populare, dar și fotografii, documente, port popular, prosoape, piese de mobilier. Interes aparte prezintă fosilele de dinoteriu, descoperite în cariera de nisip din Căuşeni; o figurină-fluier din lut, care reprezintă un călăreț pe o vietate; fragmentele de cahle din teracotă, descoperite în cadrul săpăturilor arheologice, efectuate în curtea Bisericii „Adormirea Maicii Domnului” din Căuşeni.