Muzeul Național de Etnografie și Istorie Naturală este cel mai vechi muzeu public din Republica Moldova. Fondat ca Muzeu Agricol, pe parcursul existenței sale și-a lărgit treptat domeniul de activitate, creând colecții ce reflectă istoria naturală, natura contemporană, evoluția societății umane și cultura tradițională de pe teritoriul Basarabiei, iar mai târziu a Republicii Moldova. În prezent, deține un patrimoniu de peste 200 de mii de piese. În cadrul Muzeului au fost create numeroase expoziții care au pus în valoare lumea animală și vegetală, bogățiile naturale ale ţinutului, au reflectat îndeletnicirile populației. Piese din colecțiile muzeului au fost prezentate la diferite expoziții organizate în multe țări din Europa, Asia, America și Africa.
        
        Expoziția permanentă are genericul „Natura. Omul. Cultura”, cu o suprafață de 2000 m2, dezvăluie evoluția corelației Om-Natură la diferite etape ale dezvoltării societății: evoluția lumii organice, dinamica utilizării resurselor naturale, sinteza creatoare Om-Natură, situația ecologică din Republica Moldova și căile de ameliorare a ei. Muzeul dispune de o Sală de Expoziții temporare în care se etalează diverse expoziții atât din patrimoniul propriu, cât și din alte muzee. Au devenit tradiționale expozițiile de artizanat ale meșterilor populari care se organizează în fiecare an. Pe teritoriul muzeului se găsește o Grădină Botanică, ce întrunește cele mai răspândite specii de plante, arbori și arbuști de pe teritoriul Republicii Moldova. În cadrul Grădinii Botanice a fost organizat un Vivariu cu expoziții permanente de păsări rare, exotice și decorative, reptile și pești. Fiind primul muzeu public din țară, MNEIN, pe parcursul a zeci de ani, a contribuit la crearea rețelei muzeale și a școlii naționale de muzeologie. În prezent, activează în direcția organizării muzeului în aer liber de arhitectură populară – Muzeul Satului.

        Ca filiale ale muzeului sunt Complexele Muzeale „Conacul Balioz” din s. Ivancea, Orhei, Vila cu Parc Mândâc din r-nul Drochia, și Țipova-Saharna din r-nul Rezina. În cadrul muzeului, se desfășoară periodic manifestări folclorice, concursuri și festivaluri naționale și internaționale, punând în valoare creații populare culese din toate zonele republicii. Complexul arhitectural-istoric al muzeului s-a construit în a doua jumătate a sec. al XIX-lea – începutul sec. al XX-lea și este amplasat între străzile M. Kogălniceanu - A. Şciusev, M. Cebotari - Sfatul Țării. Clădirea principală a fost construită special pentru muzeu în anii 1903-1905, după proiectul arhitectului Vl. Ţîganco. Edificiile muzeului sunt monumente de arhitectură de importanță națională. În anul 2005, Muzeul a obținut statutul de instituție din domeniul științei și inovării. Cercetătorii instituției au elaborat numeroase lucrări științifice, dintre care o bună parte au fost publicate în Buletinul Științific – publicație periodică a muzeului, ce apare din 1926, având din 2005 statutul de Revistă de Etnografie, Științele Naturii și Muzeologie. Muzeul dispune de o valoroasă bibliotecă științifică, ce deține peste 41500 de volume, inclusiv o importantă colecție de carte rară.